Evidentment, la major part de la documentació conservada a l’arxiu és la que ha produït la institució municipal a què va lligada i, així mateix, és tan àmplia i tan variada com les funcions que aquesta ha tingut al llarg del temps.

Els documents més antics es remunten al segle XIII i hi ha sèries de documentació que s’han prolongat fins als nostres dies. En destaquen, d’entre les principals: els Llibres d’actes (comencen el 1371), documentació sobre finances (des del 1490), Administració de Justícia, Hospital i Sanitat, Territori i Població, Indústries i Comerç, Eleccions…

És difícil poder acostar-nos al valor particular dels documents, però podem dir que n’hi ha dos dins de l’arxiu que marquen una certa importància respecte a la resta. Un d’ells és el Llibre de privilegis o Codex d’Elx, llibre en pergamí que arreplega els privilegis donats pels reis de Castella i Aragó i que van servir per a dotar el municipi d’una primera organització politicoadministrativa. L’altre document és la Consueta de 1709 per a la representació del Misteri.

Després de l’expulsió dels moriscos el 1609, l’antic Raval de Sant Joan va passar a ser universitat, entitat local de règim menor, amb administració separada i independent de la vila, excepte en la justícia civil i criminal. En lloc de béns de propis, els seus ingressos procedien fonamentalment de les regalies que cedia el senyor d’Elx, el Duc d’Arcos qui, després de l’expulsió, va repartir les terres i les cases entre nous pobladors cristians. El 1835, aquest Ajuntament va ser suprimit i l’arxiu, com també la seua gestió administrativa, s’integra en el de la vila. La documentació que conservem està compresa entre aquestes dues dates, encara que hi ha pocs documents de la primera època. Les sèries fonamentals són: llibres i quaderns d’actes, documentació relativa a finances i comptabilitat (regalies, impostos i contribucions), amillaraments, administració de pobres o quintes. Són de destacar els Llibres del Mostassaf.

En la mateixa sessió del ple en la qual oficialment es dona denominació a l’Arxiu Històric Municipal, es crea, adscrita a ell, la Secció Històrica de Protocols Notarials. Aquest fons es conservava en dependències municipals des que, el 7 de juliol del 1925, es van traslladar allí els protocols del notari Joaquín Botella Pascual, unint-se a uns altres protocols solts que ja hi havia a l’Ajuntament. En tot cas, la titularitat dels protocols és exclusiva dels notaris, però se cedeixen per a la investigació aquells que siguen centenaris.

Es conserven Libros de Protocolos des del 1463 i s’arreplega una variada tipologia documental en aquestes escriptures. Físicament també responen a una unitat dins de l’arxiu i porten la signatura SHPN.

Una bona part d’aquesta documentació s’ha comprat, en diferents moments, als hereus dels administradors de la Casa d’Altamira, últims senyors d’Elx, encara que els primers llibres procedeixen del ducat d’Arcos. Hi ha uns altres documents solts d’aquesta mateixa administració que van entrar a l’arxiu en ser arreplegats per Pere Ibarra. Són de destacar els Llibres de Capbreus, dels segles XVII i XVIII, imprescindibles per a l’estudi de la repoblació de la Universitat de Sant Joan després de l’expulsió dels moriscos. Són escriptures d’establiments i venda a carta de gràcia basades en un model on es configura la propietat de la terra afectada.

Pere Ibarra Ruiz (1858-1934) va ser arxiver municipal. El 1891, va aconseguir el títol d’Arxiver, Bibliotecari i Antiquari de l’Escola Superior de Diplomàtica. Va ser un incansable investigador i va organitzar una col·lecció pròpia de peces arqueològiques i innombrables documents, comprats o arreplegats a uns altres particulars i que, després de la seua mort, van passar a l’Arxiu Històric Municipal, tot i que no podem precisar-ne la quantitat. Entre d’altres, a més d’alguns documents personals, podem destacar els «Índices de remisiones a Cabildos y Sitiadas», que resumeixen tots els acords municipals des del 1370 fins al 1923, o col·leccions com ara «Tesoro Histórico», que arreplega pamflets i cartells de contingut molt divers, «Papeles curiosos», «Varios» o els seus àlbums de fotografia.

Pere Ibarra va estar molt influït pel seu germà major Aurelià Ibarra (1834-1890), fundador del Partit Democràtic a Elx, arqueòleg, escriptor i artista. Va fer importants descobriments arqueològics que van ser arreplegats en el seu llibre Illici, su situación y antigüedades. La seua documentació -algunes obres manuscrites, la correspondència personal, la col·lecció de papers polítics i també gran part dels seus articles periodístics arreplegats en la col·lecció titulada «Crónicas Ilicitanas»- va passar a formar part de la col·lecció del seu germà Pere.

Quan es van desamortitzar els convents, el franciscà de Sant Josep i el mercedari de Santa Llúcia el 1835, els seus fons van passar a l’Ajuntament on es van guardar amb poca cura. Del convent de Sant Josep ens han arribat documents sobre censos i propietats, misses per interés, almoines i el Libro de las Juntas y beatas de la Orden Tercera. Del convent de la Mercé, conservem algun document solt sobre propietats, però s’ha de parlar més aïna de l’arxiu de Fr. Agustín Arques Jover, nomenat arxiver general de l’Orde des del 1782 que ens ha deixat una rica informació sobre els fons de l’Arxiu Mercedari.

Fins a finals del segle XVIII, era l’administració municipal la que s’encarregava de la gestió de la Séquia Major, principal xarxa de repartiment d’aigua de reg a Elx. A partir de llavors, va passar a una Reial Junta d’Aigües, on els propietaris tenien una participació majoritària. La Comunitat de Propietaris de la Séquia Major del Pantà es crea el 1911 i, des d’aquest moment, es pot parlar d’una organització totalment independent del municipi. Encara que la documentació va romandre a l’Ajuntament es custodiava en un armari separat, per això podem trobar algun document municipal en aquest fons així com llibres del repartiment d’aigües en la documentació municipal.

El trasllat definitiu de la documentació a la seu de la Comunitat es produiria al segle XIX i, l’any 2006, mitjançant la firma d’un conveni, s’ha dipositat a l’AHME. L’inventari que s’hi pot consultar l’ha realitzat Anna M. Álvarez Fortes.

La Séquia de Marxena i la Séquia Major formen un sistema hidràulic que rega el camp d’Elx. Ambdues tenen origen medieval, encara que no podem precisar exactament quan es van construir. Després de la Conquesta, l’Infant Manuel va repoblar parcialment amb cristians la ciutat i el seu terme, i va realitzar un repartiment d’heretats que afectaria tant l’horta com les terres de secà. Va haver de ser en aquest moment quan se separarien els dos sistemes de regadiu històric d’Elx: la Séquia Major, que regava l’horta major, la del palmerar, que s’havia repartit entre els cristians, amb una dotació d’aigua de tres quartes parts del total (9 fils sobre 12); i la de Marxena, molt més reduïda, amb 2 fils, que regava les terres adjudicades als musulmans després de la conquesta a la vora dreta (l’Horta dels Moros). La Séquia de Marxena va ser propietat dels successius senyors d’Elx, però la gestió pròpiament organitzativa del reg i el repartiment de l’aigua la van deixar a les mans de l’aljama dels mudèjars. Després de l’expulsió dels moriscos el 1609, la gestió va passar al Consell de la Universitat de Sant Joan, que elegia cada any un sobresequier que en gestionava el reg. Quan va ser suprimit l’esmentat ajuntament, el 1835, el govern i l’administració de la Séquia de Marxena van passar a les mans d’una Comunitat de Propietaris, regulada per un reglament aprovat el 1893 i que, excepte xicotetes modificacions, continua encara vigent.

Tot i que no va existir la figura d’arxiver i el fons documental ha passat per diferents dependències, els documents s’han conservat respectant les sèries generades en l’exercici de la seua funció per la Comunitat de Propietaris. El 20 de maig del 2011, en la Junta de Govern d’aquesta comunitat, es va aprovar la cessió en dipòsit de l’arxiu de la Séquia de Marxena a l’Arxiu Històric Municipal d’Elx.

Destaquem la documentació sobre el govern de la Séquia (ordres, reglaments, expedients de sessions plenàries); sobre el repartiment i la distribució de l’aigua (venda i repartiment diari de l’aigua, contractes de compravenda, etc.), així com les sèrie d’expedients d’obra que van afectar el traçat de la sèquia.

Els testimonis de persones anònimes i d’unes altres de més conegudes de la vida local componen aquesta col·lecció formada per més de 1.000 cintes de casset. Han estat donades a l’arxiu per l’historiador il·licità Miguel Ors i arrepleguen episodis i vivències sobre la Guerra Civil, la postguerra i, en general, sobre aspectes quotidians de la societat il·licitana. Aquesta col·lecció, sens dubte, completa la documentació de l’arxiu i aporta un altre punt de vista més personal a una determinada època.